root@ユーザー名:/mnt/c/WINDOWS/system32#
と表示される、初期ワーキングディレクトリがwindowsのsystem32となっている。
(現在のubuntuでは/root になっている?)
windowsのフォルダは、/mnt配下にドライブ名でマウントされている事がわかる。
そのままだと混乱するので、
cd $home
で移動すると、/root に移動するので任意でフォルダを作成するなどして操作した方が良いと思う。
windowsのドライブがマウント済みなので、コピーする必要無い場合も多いが手順を整理する意味もあるかと思う。
例
cドライブ配下のworkフォルダのファイルをコピーする場合。
cp /mnt/c/work/ファイル名 ./